A Estrutura Científica da SBCS  é composta por quatro Divisões que se subdividem em Comissões Especializadas. Cabe ao Conselho Diretor deliberar sobre alterações, inclusões ou exclusões de novas Comissões Especializadas, bem como sua disposição na Estrutura Científica da SBCS.

Ao associar-se à SBCS, cada sócio poderá inscrever-se em até duas Comissões de qualquer divisão, dependendo da sua área de interesse. A cada quatro anos, a Secretaria Executiva da SBCS divulga o processo de escolha dos Coordenadores das Comissões Especializadas, com, no mínimo, dois meses de antecedência. Cabe aos  membros das Comissões indicar três nomes de sócios que poderão compor a coordenadoria das Comissões.